Моркоте стоит на холме возле озера Лугано. Её церковная башня возвышается над маленькими домиками с красными крышами и видна издалека. Добраться сюда можно не только по автомобильной дороге, но и по озеру или пешком, спустившись с горы Сан-Сальваторе.